Hiernach kehrten alle in ihre Welten zurück. Doch Mickey und sein Meister Yen Sid erfuhren, dass wenn ein Niemand und ein Herzloser derselben Person besiegt werden, wieder die originale, menschliche Form erschaffen wird. Auch erfuhr Mickey, dass Ventus, Terra und Aqua noch am Leben sind. Es wurden alle ehemaligen Organisationmitglieder wieder zu Menschen. Der originale Schlüsselschwertmeister Xehanort aber auch, der daraufhin seinen wahren Plan und eine verborgene Kraft offenbarte: Er kann durch die Zeit reiesen. Gelernt hatte er es damals, als er noch auf Destiny Islands gelebt hat, durch sich selbst, der aus der Zukunft gekommen war. Dadurch hat er alle seine Inkarnationen, die im Laufe der Geschichte entstanden waren, versammelt. Noch dazu kamen einige seiner Untergebenen, die er mit der Zeit gesammelt hatte.

Hier wurde auch klar, wofür die Organisation Dreizehn eigentlich war. Hier wurden einige starke Individuen gesucht, die sich Xehanort anschließen und einen Teil seines Herzen in sich aufnehmen würden. Da diese besonderen Niemande aber nach einer gewissen Zeit wieder anfangen, ein eigenes Herz zu bilden, wären sie, wenn sie davon gewusst hätten, Xehanort von vornherein niemals gefolgt. Darüber hinaus ist so noch Platz in ihnen für einen Teil von Xehanorts Herz. Der Schlüsselschwertmeister plante, durch einen Kampf seiner Gruppe und der Gruppe um Sora eine X-Klinge zu erschaffen und somit an das wahre Kingdom Hearts zu gelangen. Dafür sollte auch Sora einen Teil von Xehanorts Herz in sich aufnehmen, doch schafften es Riku und Axel, der sich jetzt Lea nannte, ihn zu retten. Hierbei muss sich Lea seinem ehemaligen Freund Isa – Isa ist Saix aus der Organisation – entgegenstellen, der nun zu Xehanort gehören. Zuletzt offenbart Lea der Gruppe, dass auch er nun in der Lage ist, ein Schlüsselschwert zu benutzen, und schloss sich Soras Gruppe an. Auch wird Riku zum Schlüsselschwertmeister ernannt. So startet Kingdom Hearts in den dritten Teil der Haupthandlung, die auch das Ende der Xehanort-Saga darstellen soll.

Zum Schluss noch ein allgemeines Fazit zu der Story von Kingdom Hearts, die – wie eingangs bereits erwähnt – sehr umfangreich und teilweise auch sehr verwirrend ist, wenn man sie so erklärt. Aber das macht auch den Reiz der Serie aus. Besonders Xehanort ist ein exzellenter Antagonist, der immer wieder mit Intrigen aufwartet, was die Geschichte, wie sie jetzt ist, erst erschaffen hat. Generell sind alle Charaktere sehr individuell geschrieben und haben eigene Wünsche, Träume und Vorstellungen, die sie vorantreiben und dadurch wirken alle handelnen Personen sehr lebendig. Die Verwirrtheit über eine so umfangreiche und verzweigte Geschichte kommt auch oft daher, dass man bei der Optik des Spieles, das mit Disney-Charakteren aufwartet, nicht mit so einer Komplexität rechnet. Gespannt sein kann man, wie die Geschichte schließlich zu Ende gebracht wird.

Sora findet das Schwert von Eraqus