In Aquanox 2: Revelation schlüpft der Spieler in die Rolle eines neuen Charakters: William Drake. Dieser streift durch die Welt von Aqua, auf der Suche nach den "Tränen des Engels" - einem legendären Schatz. Die Handlung von Aquanox 2: Revelation läuft dabei parallel zum Vorgänger ab. Aquanox 2: Revelation will durch abwechslungsreiche Missionen, einer ausgereiften Story und einer im Vergleich zum Vorgänger realistischeren Grafik überzeugen.