Der dritte Teil versuchte nach dem starken inhaltlichen Bruch in C&C: Generäle wieder an die bekannten Merkmale der Serie anzuknüpfen. Das Seitenmenü wurde in überarbeiteter Version reaktiviert und auch wieder auf die serientypischen Zwischensequenzen mit Schauspielern zurückgegriffen, insbesondere Joe Kucan als Kane. Zu den altbekannten Fraktionen GDI und Nod gesellt sich die Rasse der Außerirdischen Scrin. Die Handlung wird erstmalig im C&C-Universum kampagnenübergreifend erzählt.