Prophecy wurde als "back to the roots"-Serienteil angekündigt. Zwar gab es wieder umfangreiche Zwischensequenzen, doch stand nicht mehr eine langatmige Erzählweise im Vordergrund. Commander Blair wurde zur Nebenfigur bestellt und stattdessen der junge Pilot Casey in den Mittelpunkt gerückt. Handlungstechnisch taucht eine Rasse insektoider Aliens auf, die laut einer alten Kilrathi-Prophezeiung den Untergang der Welt bringen werden. Die Handlung wurde teilweise in im Internet zur Verfügung gestellten Missionen weitererzählt.